نشأ في الجامعة بتاريخ 1 / 12/ 2009جهاز بمستوى دائرة سمي حسب النظام المالي(جهاز الرقابة الداخلية) وهو مرتبط مباشرة برئيس الجامعة ويعمل فيه عدد من ﺫوي الاختصاص ويعين مدير الجهاز بقرار من الرئيس ، وقد صدرت التعليمات الخاصة بالجهاز بتاريخ 22/1/2015 بموجب نص المادة (40) من النظام المالي رقم (2) لسنة 2013 .
ويتكون الجهاز من الشعب التالية :
1- شعبة الرقابة المالية .
2- شعبة الرقابة الإدارية.
3- شعبة المتابعة .
يهدف جهاز الرقابة الداخلية الى التأكد من أن الأهداف المحددة قد تم انجازها وفقاً للخطط والسياسات المرسومة ، وتزويد الرئيس بالمعلومات والبيانات عما يجري على الواقع لغايات إحكام الرقابة والتقييم والمساءلة ، وتحقيقاً لهذا الهدف العام يتولى الجهاز مهمة الرقابة المالية والادارية على النحو التالي:
أ-التدقيق والرقابة المالية :
تهدف الى التأكد من صحة وسلامة سير الأمور المالية في الجامعة واختبار دقة العمليات والبيانات المالية المثبته بالدفاتر والسجلات لتقدير مدى مطابقتها للقوانيين والأنظمة والتعليمات كما تهدف الى التأكد من أن القرارات الادارية ذات الاثار المالية تنفذ بدقة ووفقاً للقوانين والانظمة المعمول في الجامعة.
ب- التدقيق والرقابة الادارية :
تهدف الى تدقيق القرارات الادارية والاكاديمية ومطابقتها للانظمة والقوانين والتعليمات ومتابعة كافة الاجراءات الهادفة الى حماية موجودات الجامعة من سوء الاستعمال أو التلف أو الضياع .
ج- المتابعة :
تهدف الى متابعة التقارير الصادرة عن الجهاز للجهات المختلفة والتأكد من مدى استجابة هذه الجهات لتصويب الملاحظات بما يتناسب
مع القوانين والأنظمة والتعليمات والتعاميم الصادرة عن رئاسة الجامعة.